Стрельная гора – самая высокая открытая вершина Жигулей с абсолютной отметкой 351 м. Одна из самых высоких точек Самарской области, откуда открывается великолепная панорама на Волгу с волжскими островами, Жигулевскую горную гряду и плотину Жигулевской ГЭС. Наибольшая высотная отметка Жигулей составляет 381,2 м, и в отличие от Стрельной горы, которую венчает скальный гребень в виде шихана (массивного камня), покрыта лесом и расположена на платообразной поверхности Зольненского купола. От узкого гребня Стрельной горы спускаются почти вертикальные склоны. Выветренные скалы из кавернозных карбонатных пород, вытянутые в виде узкого мостика, носят название «Чeртов мост». Сложный лабиринт каньонообразных оврагов Главного Жигулевского хребта окружают гору: Стрельный овраг, Олений и Чертов овраг, начинающийся цирком у Чертового моста горы. Исторически место связано с временами Жигулевской вольницы. Природоохранная ценность Стрельной горы необычайно велика. Наиболее ярким её показателем является растительный мир. Здесь находятся самые большие по площади в заповеднике участки древнейших в Поволжье сообществ каменистых степей с реликтовой и эндемичной флорой. Вместе с горными борами они являются уникальными природными сообществами Восточной Европы. Из 1000 видов растений заповедника 520 отмечены на Стрельной горе и в ее окрестностях, что составляет около 1/3 флоры Самарской области. Из них к раритетам (эндемичные, реликтовые и внесенные в Красные книги разных рангов виды растений) относится не менее 20%.
Каменная Чаша – урочище в Ширяевской долине. Образовано слиянием двух оврагов: Каменного и Колоды, которые являются отрогами этой долины. На левом склоне Каменного оврага из-под скалы бьет родник, абсолютной отметкой выхода источника является 143 м; в приустьевой части оврага Колоды по левому склону имеются еще два родника. Водоносные породы представлены доломитами верхнего карбона палеозойской эры. Водоупорный слой представлен суглинками, которые сформировались в плиоцене, в условиях холодного и пресного моря кайнозойской эры. В родниковой воде источника отмечено повышенное количество аммиака, что указывает на близкое расположение нефтеносных горизонтов. В целом химико-биологический состав воды соответствует ГОСТу «Питьевая вода». Дебит воды в 2002 году составлял 4,5 л/мин или 6480 л/сутки, в настоящее время он значительно снизился. Вот что он пишет об этом урочище выдающийся геолог Михаил Эдуардович Ноинский «…как раз на повороте в главный овраг с северной стороны впадает несколько белее или менее крупных отрогов, вследствие чего узкая сравнительно долина его образует на перегибе небольшое округлое расширение, окруженное со всех сторон высокими гребнями и шишками, это расширение представляет как бы дно гигантского котла и как нельзя лучше оправдывает свое название «Каменная Чаша». Родник освящен в честь Николая Угодника.
Ширяевская долина – самая крупная на Самарской Луке. Ее протяженность около 35 км, площадь водосборного бассейна достигает 180–185 кв. км. Верховья долины находятся в окрестностях Белых домиков (в 4 км к юго-западу от с. Бахилово), а устье в 3 км западнее Жигулевских ворот у с. Ширяево. В верхней части долина раздваивается, от нее отходит Кочкарный овраг. Наиболее крупные отроги расположены по левому борту долины Безымянный, Буданецкий и Хмелевой овраги. И только в приустьевой части правые отроги имеют значительное протяжение – Пряслин овраг, Нижние Елгуши. Богатое разнотравье лугов является неотъемлемым характерным компонентом ландшафтов древней долины. В прошлом большинство из них были косимые, а с прекращением сенокошения они стали зарастать березой, кленом татарским, лещиной, боярышником, теряя тем самым характерный облик. Совсем другие луга отмечены по днищам глубоко врезанных в лесистое плато оврагов – Хмелевого, Попова и Безымянного. Это опушечно-высокотравные луга, в травостое которых преобладает высокое (100-300 см) разнотравье с короставником татарским (доледниковый реликт). Подобных луговых сообществ нет не только в Самарской области, но и во всей Восточной Европе.
Бахиловская горная система представляет собой сложный лабиринт из горных хребтов, рассеченных глубокими узкими оврагами. В горную систему входят Большая Бахилова гора с утесом Скальный и отрогом г. Длинная, г. Малая Бахилова, г. Мешаная, г. Шапка, Человек-Гора, г. Коленка. Большая Бахилова гора – самая высокая (320 м) в этой системе, состоит из двух гребней. Западный, более низкий, небольшой, через узкую перемычку переходит в восточный, представляющий длинную узкую скальную стенку. На поверхности Б. Бахиловой горы наблюдается горизонт сахаровидных доломитов мощностью 32 м, для него характерны мелкие пещерки. Благодаря крепости пород этот горизонт образует крупные уступы и пороги в оврагах этой системы. Человек-гора – устьевая часть правого отвершка Бахиловской долины между горами Мешаной и Коленкой. У подножья горы заметны следы старого карьера по добыче известнякового камня. Крутые гребни покрыты реликтовыми горными сосновыми борами, сменяющиеся на открытых склонах каменистыми степями с характерной растительностью. 
Бахиловский овраг – одна из крупнейших (вторая после Ширяевской) долин северной части Самарской Луки. Рассекает Главный Жигулевский хребет с юга на север. Устье Бахиловского оврага именуется Бахиловой Поляной, участок от Малинового дола до Ломового оврага – Коридор. Бахиловский овраг веерообразно распадается на ряд отрогов. По правому борту, начиная от Волги, крупными являются Малиновый дол, Холодный овраг, Ломовой овраг. По левому – Школьный, Сельскобахиловский, Медвежьи Сосны. По днищам отрогов Бахиловского оврага – Холодного, Ломового и Медвежьим Соснам – проходит вторичный врез, напоминающий сухое русло реки – временный водоток талых вод, называемый Ериком. В расширенной устьевой части Бахиловского оврага расположено село с одноименным названием и центральная усадьба Жигулевского заповедника. История развития села связана с добычей известняка для получения высококачественной извести и заготовкой древесины во времена Орловых-Давыдовых. Природные объекты в с. Бахилова Поляна: родник «графский», каменная ломка, музей заповедника.
Утес Шелудяк – мощный скалистый уступ в центре Морквашинско-Бахиловского массива Жигулей, круто обрывающийся к Волге. Толщи каменноугольных и пермских отложений монолитом возвышаются над одноименным узким оврагом и лесным массивом горной гряды. Склоны утеса отвесны, испещрены трещинами, нишами и гротами, самый большой из которых находится с восточной стороны горы. У подножья утеса много насыпей из камней и углублений-ям, образовавшихся в результате разработки известкового камня в конце XIX века. Название утеса связано с временами Жигулевской вольницы.
Ширяевские штольни. В начале ХХ века в северной части Самарской Луки масштабными темпами развивалась промышленная добыча палеозойских известняков. Горная цепь Жигулей на северо-восточной границе заповедника сложена морскими карбонатными породами, геологический возраст которых в разрезе составляет от 280 до 300 млн. лет. В местах разработки полезных ископаемых на 100-метровой отметке абсолютной высоты над уровнем моря залегают отложения касимовского и гжельского ярусов верхнего отдела каменноугольной системы. Геологический пласт состоит из чистого без примесей выщелоченного конгломерата раковин вымерших мелких морских организмов – фузулинид. При обжиге из добываемой породы вырабатывали самого высокого качества негашенную известь – важнейший строительный материал. Особенно интенсивно подземные работы велись в окрестностях села Ширяево с 1945 по 1961 годы. Из обширной системы лабиринтов впоследствии заброшенных подземных горных выработок образовался компактный Жигулевский спелеокомплекс, получивший название Ширяевских штолен.
Распоряжением Совета Министров СССР (от 16 мая 1978 г. № 644-р) для расширения зоны карьерных разработок местным горнодобывающим предприятием из заповедника был изъят земельный участок в обмен на изъятую из промышленного оборота территорию, включающую основную группу ширяевских штолен. Пустующие штольни стали постепенно заселяться летучими мышами, образовав одну из крупнейших в Европе зимовок, насчитывающую более 30 тыс. особей 8 видов. С ростом антропогенного влияния на экосистемы Самарской Луки колония нуждалась в надежной охране. Находящимся в зимней спячке летучим мышам максимальную угрозу их существованию представляет беспокойство от наплыва неорганизованных туристов.
В целях сохранения сложившегося Жигулевского спелеокомплекса Жигулевский заповедник приступил к поэтапному осуществлению долгосрочного плана практических природоохранных мероприятий. На протяжении 25 лет регулярно проводятся стационарные контрольные наблюдения за состоянием колоний рукокрылых, зимующих во всех подземных убежищах. На входы в штольни горы Поповой установлены металлические решетки для ограничения самовольных посещений. Активно развивается сотрудничество с различными заинтересованными организациями: Самарской спелеологической комиссией, Самарским университетом, Институтом экологии Волжского бассейна РАН (г. Тольятти), Пензенским педагогическим госуниверситетом, Териологическим обществом РАН и муниципальными образовательными учреждениями в рамках инициативных природоохранных, научно-исследовательских и эколого-просветительских проектов.
Каменистые степи Жигулей и, в том числе, Стрельной горы являются местами массовых зимовок жуков из семейства Божьих коровок (Coccinellidae). Ежегодно осенью жуки вида коровка семиточечная (Coccinella septempunctata L.), адалия двухточечная (Adaia bipunctata L.) и другие виды в массе летят на гору на степи, где находят благоприятные условия для зимовки.
В лиственном лесу на надпойменной террасе в квартале № 9 находится настоящий «муравьиный городок». Здесь на небольшой площади отмечается около полутора сотен крупных гнёзд рыжих лесных муравьёв (Formica rufa L.).
Озеро Кольчужное является местом обитания губки-бадяги (Spongilla lacustris L.), причём здесь вид является доминантом. Благодаря этому вода в озере идеально прозрачная. В других местах Волги эта губка встречается редко, так как места её возможного обитания подвергаются значительным антропогенным нагрузкам.