Идея организации заповедника в Жигулях впервые прозвучала в статье В.Н. Сукачева «Об охране природы Жигулей», опубликованной в 1914 году в Записках Симбирского областного естественноисторического музея. «Устройство заповедника в Жигулях должно сохранить для изучения будущими поколениями те чудные леса, которые нависли по склонам над Волгой, и которые, главным образом, придают прелесть этим местам. Необходимо защитить от вытаптывания и вытравливания степные участки и каменистые склоны, так заинтриговавшие своей флорой экскурсанта-исследователя… Кому приходилось бывать в Жигулях, не может не согласиться, что в этом отношении вряд ли какая-либо местность в Средней России может сравниться с Жигулями», – писал В.Н. Сукачев в этой работе. Были в той статье определены и задачи детального изучения природы Жигулей и организации долгосрочных наблюдений за происходящими в ней естественными процессами. Начало воплощения этой идеи в жизнь выпало на долю другого выдающегося естествоиспытателя – И.И. Спрыгина.
Еще до революции И.И. Спрыгин сумел организовать в Пензе ботанический сад, краеведческий музей, Лермонтовскую библиотеку. Созданная Иваном Ивановичем Спрыгиным первая в г. Пензе профессиональная коллекция растений составила основу гербария Пензенского государственного педагогического университета, который получил международное признание и еще в 1939 г. был включен в Каталог мировых гербариев.
После революции Иван Иванович много сил уделял работе краеведческого музея и организованного при нем Пензенского общества любителей естествознания (ПОЛЕ), а также организации заповедников в окрестностях г. Пензы. В 1925 г. эти заповедные участки получили статус Пензенского государственного заповедника, руководителем которого и стал И.И. Спрыгин. В 1926 г. Иван Иванович подал докладную записку в Главнауку Наркомпроса РСФСР об организации экспедиции на Самарскую Луку в целях выбора участка для организации заповедника в Жигулях. Эта экспедиция, посвященная обследованию природного комплекса Жигулей, продолжалась три полевых сезона 1926, 1927 и 1928 гг., но уже к 1927 г. место для будущего заповедника было найдено. Был выбран участок площадью 2,5 тыс. га, имеющий форму треугольника, опирающегося своим основанием на берег Волги. Предложение экспедиции было одобрено в губернии, и 19 августа 1927 г. СНК РСФСР принял решение об организации Жигулевского заповедного участка с включением его в качестве основного в состав Пензенского государственного заповедника. В этой связи этим же решением Пензенский заповедник был переименован в Средне-Волжский. Директором Средне-Волжского заповедника был назначен И.И. Спрыгин, он выполнял эту работу вплоть до 1935 года, когда заповедник перешел в подчинение вновь организованного Средне-Волжского института охраны природы. Эта реорганизация сопровождалась переносом управления заповедника из Пензы на Бахилову Поляну и назначением на должность директора заповедника В.И. Смирнова. При этом И.И. Спрыгин продолжал руководить научной работой заповедника. О его высоком научном авторитете свидетельствует тот факт, что его именем назван род растений, произрастающих в Средней Азии (Спрыгиния – Spryginia M. Pop.), и 5 видов растений флоры Среднего Поволжья: астрагал Спрыгина, валериана Спрыгина, водяной орех Спрыгина, кузиния Спрыгина, колокольчик Спрыгина. Имя И.И. Спрыгина в 1973 г. было присвоено Пензенскому ботаническому саду, а в 1977 г. – Жигулевскому государственному заповеднику.
Первые годы работы Средне-Волжского заповедника были озарены энергией и талантом его организатора И.И. Спрыгина. Жигулевская экспедиция под руководством Спрыгина продолжалась 3 года: с 1926 по 1928. В ходе ее работы была выполнена первая инвентаризация флоры Жигулей, подтвердившая догадку В.Н. Сукачева об ее исключительной научной значимости: по материалам, собранным экспедицией, были описаны 5 новых видов растений. В работе экспедиции приняли участие многие замечательные молодые специалисты, ставшие впоследствии видными советскими учеными, как, например, А.А. Уранов и Б.П. Сацердотов. О педагогическом таланте Спрыгина можно судить по именам его замечательных учеников. Это специалисты-ботаники Е.П. Коровин, М.В. Культиасов, М.Г. Попов, А.И. Введенский, Г.Э. Гроссет, В.В. Цинзерлинг, химик С.А. Уранов. По его инициативе к работе в Жигулевском заповеднике были привлечены такие квалифицированные специалисты, как ботаники М.В. Золотовский и А.Н. Гончарова и зоолог А.Р. Деливрон (точнее Алексис Виктор Де-Ливрон) и начались пристальные многолетние наблюдения за растительным и животным миром заповедника. Создавалась его материальная база, уточнялось выделение в натуре и была организована охрана его территории.
В апреле 1931 г. управление Средне-Волжского заповедника было реорганизовано в Научно-исследовательский институт изучения и охраны природы Средне-Волжского края. В 1932 году в ведение института был передан волжский остров Середыш площадью около 700 га и вновь образующийся выше него по течению остров Шалыга, сразу приковавшие к себе живой интерес научных работников заповедника. В июне 1933 г. при передаче из ведения Наркомпроса в Наркомзем РСФСР институт был переименован в Средне-Волжский заповедник, а в августе 1933 г. заповедник был передан Комитету по заповедникам при ВЦИК и СНК РСФСР.
В 1937 году границы Жигулевского заповедного участка были значительно расширены: примерно на 2 км к западу и на 10 км к востоку и югу. После этого заповедник вдоль Волги стал простираться на 20 км (от Бахиловой Поляны на западе до Липовой Поляны на востоке). В глубь полуострова заповедник вклинивался на 15 км – до Ширяевского оврага. В результате этих изменений площадь Жигулевского участка была увеличена в 9 раз: с 2,5 до 22,5 тыс. га.
Продолжали развиваться собственные исследования заповедника. Практически были завершены работы по первой инвентаризации флоры сосудистых растений, фауны земноводных, пресмыкающихся, птиц и млекопитающих. Положено начало выявлению видового состава фауны насекомых, изучению почв и растительного покрова. Однако организации долгосрочных наблюдений серьезного внимания на первых порах не было уделено. На Жигулевский участок Куйбышевского заповедника в 1938 г. с Дальнего Востока были завезены пятнистые олени, которых на следующий год выпустили на свободу. Был заложен небольшой питомник бархата амурского, маньчжурского ореха и некоторых чужеземных кустарников. В то время существенный вклад в научные достижения заповедника внесли П.С. Павельев и Е.Ф. Белевич (климат), М.В. Золотовский, А.Н. Гончарова и Л.М. Черепнин (флора и растительность), А.Т. Лепин (фауна наземных позвоночных), Е.И. Новодережкин (энтомофауна), К.К. Высоцкий (лесоведение), П.Б. Юргенсон и Б.И. Миролюбов (интродукция пятнистого оленя) и другие. Весной 1941 г. материалы исследований в виде рукописей, подготовленных к изданию, были представлены в Москву.
Из работ сторонних специалистов, работавших в то время в районе заповедника, следует особо отметить проходившую в 1944 г. экспедицию Института географии под руководством геоморфолога Глафиры Витальевны Обедиентовой. Этой экспедицией была обоснована необходимость переноса створа проектировавшегося гидроузла из Жигулевских Ворот (с. Ширяево – Царев Курган) в район с. Отважное (ныне г. Жигулевск). Труд Глафиры Витальевны «Происхождение Жигулевской возвышенности и развитие ее рельефа» (1953) лег в основу многих последующих исследований природы Жигулевского заповедника и Самарской Луки в целом.
В военное время в целях помощи фронту в заповеднике были изучены ресурсы, а затем организованы заготовки лекарственных растений. Особенные трудности сложились для работников охраны Жигулевского заповедника в связи с началом поисковых работ, а затем и промышленной добычи нефти непосредственно на его территории. Конфликты работников охраны заповедника с нефтяниками, бесцеремонно вторгавшимися на территорию заповедника, завершились изъятием из состава заповедника большей части территории, примыкавшей к берегу Волги. В 1942 г. на бывшей территории заповедника были пробурены первые нефтяные скважины, а в 1943 г. на приречной террасе был заложен рабочий поселок нефтяников – Зольное. Развитие добычи нефти привело к тому, что в Жигулях были проложены асфальтированные дороги, трассы линий электропередачи и трубопроводов изрезали заповедные леса, нефтяные вышки с факелами сжигания попутного газа поднялись в глухих оврагах и на гордых вершинах Жигулей. Добыча нефти в первые годы сопровождалась загрязнением почвы нефтепродуктами. Для строительства промышленных объектов и создания противопожарных разрывов вырубались заповедные леса.
В тяжелое военное время и первые послевоенные годы заповедник с честью выполнял возложенные на него задачи по охране и изучению природы. В 1943 г. были обработаны материалы инвентаризации лесов заповедника (проведенной еще в 1938 г.) и оформлены документы первого лесоустройства. В рассматриваемый период был выполнен ряд зоологических (С.И. Снигиревский, Е.М. Снигиревская, М.И. Зябрев, И.В. Жарков), ботанических (А.И. Гончарова) и почвенных (А.А. Успенская) исследований. Было изучено влияние начавшегося строительства на размещение и поведение животных. Особое внимание было уделено изучению состояния и изменению популяции интродуцированного пятнистого оленя, а также его влияния на растительность заповедника.
В 1947 году по требованию Главного управления заповедник приступил к составлению по архивным документам Летописи природы заповедника. Первый очерк к первой книге Летописи природы был составлен старшим лесничим заповедника М. Костиным. Этот материал, рассмотренный в феврале 1948 года начальником Главного управления по заповедникам В.Н. Макаровым, с учетом сделанных замечаний вошел в первую книгу Летописи Природы Куйбышевского государственного заповедника. Составителем первой и пяти последующих книг Летописи (1928–1930, 1931–1935, 1936–1940, 1941–1945 и 1946–1950) был заместитель директора заповедника по науке И.В. Жарков. Завершение этой работы роковым образом совпало с моментом ликвидации Куйбышевского заповедника.
Первая сокрушающая волна обрушилась на заповедники в 1951 году. В тот год из 125 заповедников СССР было закрыто 88, в результате чего их общая площадь уменьшилась в 5 раз: с 12,5 до 2,5 миллионов гектаров. Тогда был закрыт и Куйбышевский заповедник со всеми его участками и на Самарской Луке, и в Пензенской области. Территория заповедника после его ликвидации вошла в состав Жигулевского лесхоза.
Однако природоохранительная общественность на местах не прекращала усилий по возрождению заповедников. В 1959 г. Постановлением Совета Министров РСФСР (от 20 июня № 1070) в Куйбышевской области был организован Жигулевский государственный заповедник, который стал наследником в деле сбережения и изучения природы Жигулей, которую задачу раньше решал Средне-Волжский (Куйбышевский) заповедник. Площадь нового заповедника составила 18936 га, большая часть ее перешла в заповедник из состава Жигулевского лесхоза (17706 га), остальные 1230 га были включены в заповедник из земель, находившихся до этого в пользовании треста «Ставропольнефть». В новый заповедник вошла далеко не вся территория Жигулевского участка Куйбышевского заповедника, а только ее часть в пределах пятикилометровой полосы вдоль берега Волги. Заповедник состоял из четырех разобщенных участков. В состав заповедника входил и островной участок площадью 671 га. Это были те же Волжские острова Середыш и Шалыга, что ранее входили в состав Куйбышевского заповедника. Возрожденный Жигулевский заповедник был (как и большинство заповедников в России в то время) подчинен Главному управлению охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР (Главохоте РСФСР). Директором заповедника был назначен Л.М. Сажин, его заместителем по научной части – А.М. Краснитский, а старшим лесничим – В.И. Кучин.
А.М. Краснитскому удалось привлечь к научной работе квалифицированных специалистов. Кроме штатных работников заповедника, на его территории проводили научные исследования две экспедиции: Института географии АН СССР под руководством кандидата географических наук Г.В. Обедиентовой (геоморфология) и Московского университета под руководством профессора Н.П. Ремезова (почвоведение). По материалам исследований А.М. Краснитский подготовил первую книгу Летописи природы заповедника за 1960 г. Но по злой иронии судьбы и это повторное возвращение к ведению Летописи природы совпало с новой ликвидацией заповедника.
Произошло это по причинам, никак не связанным с работой самого заповедника. Просто на очередном пленуме ЦК КПСС ее генеральный секретарь Н.С. Хрущев в обширном докладе весьма недоброжелательно высказался о заповедном деле (решил посоветоваться: «не слишком ли много у нас организуется заповедников?»). После этого решено было закрыть половину заповедников, естественно, в первую очередь те, которые совсем недавно были «восстановлены». И во второй раз в 1961 году Жигулевский заповедник был вновь закрыт. В 1960 году был принят «Закон об охране природы в РСФСР», согласно которому земли заповедников «навечно изымаются из хозяйственного использования». После этого закрытие заповедника стало противозаконным деянием, и заповедники больше не закрывали.
Несмотря на короткую жизнь второго заповедника в Жигулях, обращает на себя внимание заметный след, оставленный им в изучении природы. Научные исследования в то время проводили кроме заместителя директора по науке А.М. Краснитского научные сотрудники И.Н. Добрынина (орнитология), П.Ф. Казневский (териология), Ф.Н. Семевский (лесная энтомология), Н.А. Цибанова (ботаника).
За возрождение Жигулевского заповедника выступили местные энтузиасты охраны природы. В нашем крае огромную роль в создании особо охраняемых природных территорий сыграла Татьяна Владимировна Тезикова, работавшая тогда в Куйбышевском краеведческом музее. Энергии, напористости и фанатичному пристрастию охране природы этого человека, этой самарской Жанны д’Арк, наша область в значительной степени обязана и возрождением Жигулевского заповедника, и последующим созданием национального парка на Самарской Луке.
Исполнительный комитет Куйбышевского областного Совета депутатов трудящихся принял 6 июня 1966 г. решение № 212 «О восстановлении Жигулевского заповедника». А через 4 месяца Совет Министров РСФСР издал Постановление от 4 октября 1966 г. № 812 «Об организации в Куйбышевской области Жигулевского государственного заповедника».
Новый заповедник включал в себя полностью центральный и островной участки Жигулевского заповедника, закрытого в 1960 г. Согласно вышеуказанному постановлению, заповеднику было передано 19411 га земель лесного фонда из состава Ширяевского и Бахиловского лесни¬честв Жигулевского лесхоза. Этот участок не охватывал полностью земли Жигулевского участка Куйбышевского заповедника, закрытого в 1951 г. Вместе с тем, новый заповедник выходил за его пределы, включив площади западнее Бахиловой Поляны и восточнее Липовой Поляны. В ноябре 1966 г. директором Жигулевского заповедника был назначен А.Н. Молоканов, в 1971 г. — Т.А. Шур, работавший до этого директором Жигулевского лесхоза. С 1972 г. по 2012 год заместителем директора по научной работе работал К.А. Кудинов. Он начал работу по составлению Летописи природы за 1971–1972 гг.
В 1970 г. было принято решение о проведении лесоустройства, в 1971 выполнены подготовительные, в 1972 – полевые, а в 1973 – завершены камеральные работы. Лесоустройство велось 1-й Горьковской экспедицией Поволжского лесоустроительного предприятия В/О «Леспроект». Была заложена система постоянных пробных площадей для долгосрочных наблюдений за развитием древостоев в естественных условиях при максимальном исключении вмешательства со стороны человека. Было произведено картирование и описание маршрутов для проведения учетов охотничье-промысловых животных, а также маршрутов для фенологических наблюдений за птицами.
Важным моментом в организации научной работы заповедника стала организация системы метеорологических наблюдений. До организации Жигулевского заповедника на Самарской Луке работала метеостанция в с. Сосновый Солонец. Наблюдения в этой точке начали проводиться еще в конце XIX века, а с 1927 г. станция эта работала регулярно в общегосударственной системе гидрометеорологической службы по общепринятой методике. Вблизи центральной усадьбы заповедника была выделена метеорологическая площадка. Согласно регистрационному свидетельству № 116 от 3 апреля 1973 г., Приволжским управлением ГМС Жигулевскому заповеднику было разрешено вести постоянно с 1 апреля 1973 г. по специальной программе метеорологические наблюдения на принадлежащем ему метеорологическом посту «Бахилова Поляна». Регулярно наблюдения здесь ведутся с конца 1973 г. и весьма существенно дополняют данные, получаемые в Сосновом Солонце.
В то же время была начата серьезная работа по инвентаризации флоры заповедника. Здесь необходимо отметить исследования, проводившиеся доцентом Куйбышевского университета (ныне профессором-доктором Самарского государственного университета) Тамарой Ивановной Плаксиной. Сборы, выполненные ею и научным сотрудником заповедника Валентиной Ивановной Игнатенко, позволили существенно дополнить списки растений, составленные в годы существования Куйбышевского заповедника А.А. Булавкиной-Ончуковой (1939), А.Н Гончаровой и М.В. Золотовским (1941), Л.М. Черепниным (1941), А.А. Семеновой-Тян-Шанской (1945).
В конце семидесятых–начале восьмидесятых годов произошли заметные изменения в личном составе заповедника. В 1979 г. вместо ушедшего из заповедника И.П. Баева директором Жигулевского заповедника был назначен А.В. Воробьев, до того возглавлявший Байкальский заповедник. В научном отделе заповедника начали работать молодые специалисты – выпускники различных высших учебных заведений: геоботаник Т.Ф. Чап, орнитолог Г.П. Романюк (после замужества – Лебедева), энтомолог И.В. Любвина, териолог В.П. Вехник и энтомолог Ю.П. Краснобаев, в настоящее время возглавляющий заповедник. С.В. Саксонов поступил на работу сначала рабочим научного отдела, а затем лаборантом-ботаником. В настоящее время профессор С.В. Саксонов руководит Институтом экологии Волжского бассейна РАН.
Организация стационара Самарского университета на Бахиловой Поляне способствовала расширению и укреплению взаимодействия заповедника с университетом, а также другими высшими учебными заведениями и научными организациями. Преподаватели Самарского университета С.А. Сачков и И.В. Дюжаева сделали обширную работу для познания энтомофауны заповедника и использовали материалы исследований, проведенных в заповеднике, в своих публикациях и диссертационных работах. Ю.В. Сачкова на протяжении многих лет исследовала фауну и распространение наземных моллюсков в заповеднике и параллельно проводила летнюю полевую практику студентов. Основной вклад в изучение лихенофлоры Жигулевского заповедника был сделан учеными Самарского университета Е.С. Корчиковым и Е.А. Антиповой в 2008–2015 гг., которые по материалам исследования защитили кандидатские диссертации. Осуществлена современная инвентаризация лихенофлоры и дана комплексная оценка современного состояния лишайников как структурных компонентов лесных и степных сообществ, имеющих значение для биоиндикации среды. Значительные результаты получены в результате работы в заповеднике сотрудников кафедры почвоведения Санкт-Петербургского университета под руководством Э.И. Гагариной.
С наступлением нового века в заповеднике остро встала необходимость проведения очередного лесоустройства. Мэрия Тольятти выделила заповеднику средства. Лесоустройство выполняла Пензенская лесоустроительная экспедиция Федерального государственного унитарного предприятия Поволжское государственное лесоустроительное предприятие. Основное новшество в проведении этого лесоустройства заключалось в том, что оно полностью было выполнено с применением машинной обработки. В электронном виде были также подготовлены и материалы по учету лесного фонда. Кроме того, была подготовлена и геоинформационная система, позволяющая образовывать выборки любых участков территории заповедника с получением картографической, качественной и суммарной информации по лесам на данной выборке.
В 2011 году Жигулевский заповедник приобрёл статус «биосферного». Это произошло после организации 27 октября 2006 года на базе Жигулевского заповедника и национального парка «Самарская Лука» Средне-Волжского комплексного биосферного резервата. Его площадь составила около 400 000 га, в том числе: основная зона 7,5 %, буферная зона – 24,3%, переходная зона – 68,2%.
На территории резервата расположены уникальные по своему происхождению и биоте Жигулевские горы, типичные зональные лесостепные природные и культурные ландшафты на плато Самарской Луки, ландшафты и экосистемы долин рек Волги и Усы.